Килиан Наухаус родился в 1960 году в Галле (Германия). Он посещал церковный семинар в Наумбурге, изучал церковную музыку в Галле, а в 1986 году получил диплом с отличием, после чего был приглашён на должность хорового ассистента и репетитора.
С 1987 года Килиан является церковным музыкантом Французского собора на площади Жандарменмаркт в Берлине. Кроме того, он часто выступает с концертами в церквях и концертных залах Германии и многих других стран. В 2010 году администрация Евангелической церкви Берлина, Бранденбурга, Силезии и Верхней Лужицы удостоила Килиана Наухауса звания директора церковной музыки.
Кроме того, Килиан Наухаус принимал участие во многих телевизионных и радиопрограммах, выпустил несколько записей и является автором нескольких книг.