Уроженка Санкт-Петербурга, закончила в родном городе музыкальное училище им. Римского — Корсакова, где занималась не только основным инструментом — фортепиано, но и органом (класс Ю.М. Семёнова) и клавесином (класс В.М. Радченкова). Интерес к игре на этих инструментах послужил причиной поступления 2002 году в РАМ им. Гнесиных в класс органа профессора А.В. Фисейского и клавесина О.А. Филипповой. Позже, в 2011 году там же было окончено и обучение в аспирантуре.
За годы обучения в РАМ Маргарита Еськина стала дипломантом международного конкурса органистов (Санкт-Петербург, 2005) и лауреатом открытого конкурса органистов (Санкт- Петербург, 2007), после обучения — обладателем спецпремии «Надежда Отечества» международного конкурса органистов им. М. Таривердиева (Москва-Калининград, 2011), обладателем спецпремии «Torre di Babele» международного конкурса молодых органистов Soli Deo Gloria (Москва, 2012)
Совместно с А. Фисейским в Германии была произведена запись CD с органными транскрипциями оперных сочинений Рихарда Вагнера.
В 2008-2009 годах преподавала орган и клавесин в Ханты-Мансийском филиале РАМ им. Гнесиных, а также занимала должности солиста (орган и клавесин) и клавесинного мастера в Концертно-театральном центре «Югра-Классик».
С 2013 года является участником ансамбля стариной музыки «PFEYFFER», специализирующегося на исполнении музыки Средневековья и Ренессанса.
В различное время сотрудничала с ведущими музыкантами и коллективами Москвы: Сергеем Полтавским (альт, виоль д’амур), Татьяной Барсуковой (сопрано), солисткой Большого Театра Александрой Дурсеневой (контральто), Артемом Дервоедом (гитара), Дмитрием Муриным (гитара), Натальей Тимофеевой (виола да гамба), ансамблем духовной музыки «Благовест» (рук. Г. Кольцова), хоровой Капеллой им. Юрлова (рук. Г. Дмитряк). Стажировалась и участвовала в мастер-классах видных органистов и клавесинистов: К. Стембриджа, Ги Бовэ, Й Лаукквика, В. Церрера, М. Бёккера, Д. Ротта, Б. ван Асперена, К. Хаугсанда, Э. Жуайе, Д. Голдобина и др.
В 2019 году Маргарита по приглашению А. Кончаловского осуществила запись музыкальных эпизодов для фильма «Грех»: на большом органе и органе — портативе были записаны сочинения А. Каваццони и Дж. Габриэли.
Выступает как органистка и клавесинистка с сольными концертами во многих городах России
Канал на ютьюбе https://youtube.com/user/bivnyastik