Родился в 1949 году. В возрасте 10 лет поступил в московскую музыкальную школу № 30, где обучался игре на скрипке и занимался композицией с Н. М. Гольденберг (ученицей Б. Л. Яворского) и ее учеником, тогда студентом Московской консерватории Е. Чаплыгиным. В 1966 году Ефрем Подгайц поступил в музыкальное училище при Московской консерватории, где учился на теоретико-композиторском отделении (сольфеджио и теория — Д. А. Блюм, гармония — С. С. Григорьев, анализ — Ю. Н. Холопов, полифония — В. П. Фраёнов, сочинение — А. И. Пирумов). В 1974 году он окончил Московскую консерваторию по классу композиции Ю. М. Буцко и Н. Н. Сидельникова и по инструментовке у Ю. А. Фортунатова.
По окончании консерватории композитор создает ряд знаковых сочинений: Первую симфонию, Квартет для скрипки, виолончели, фортепиано и ударных, «Диптих памяти Д. Д. Шостаковича» для струнных, Вокальный цикл на стихи Р. М. Рильке.
В 1978 году Подгайц был принят в Союз композиторов России. В 1980 году появляется первое его крупное сочинение для детского хора — кантата «Как нарисовать птицу» на стихи Ж. Превера, с которой композитор успешно дебютировал на фестивале «Московская осень».
Ефрем Подгайц — автор около 250 сочинений практически во всех жанрах. Им создано тринадцать опер, шесть мюзиклов, балет, три симфонии, 26 концертов для различных инструментов с оркестром, симфонические, камерные, хоровые, вокальные произведения. Его музыка исполняется на фестивалях, конкурсах и в концертных программах в России, Украине, Франции, Германии, Великобритании, Италии, Венгрии, Японии, Швейцарии, Хорватии, США, записывается на пластинки и компакт-диски, звучит в кинофильмах и спектаклях.
Сочинения Е. И. Подгайца для детского хора в превосходном исполнении Детского хора «Весна» имени А. С. Пономарева получили широкую известность в России и за рубежом и принесли автору заслуженное признание.
В 2002 году газета «Музыкальное обозрение» назвала Е. И. Подгайца «Композитором года». Он также является одним из авторов коллективного сочинения — Концерта для симфонического оркестра «10 взглядов на 10 заповедей» (2004), посвященного газете «Музыкальное обозрение». В рамках премьерного тура это произведение исполнили 18 российских симфонических оркестров.
Ефрем Подгайц — заслуженный деятель искусств России, лауреат Премии правительства РФ в области культуры, лауреат Премии города Москвы, профессор, Заведующий кафедрой композиции Московского государственного музыкально-педагогического института имени М. М. Ипполитова-Иванова.