Балис Вайткус родился в 1963 г.
В 1985 г. он с отличием окончил Литовскую академию музыки и театра по классам фортепиано (у проф. М. Азизбековой) и органа (у проф. Л. Дигриса). В последствии проходил стажировку в Пражской Академии изящных искусств (Чешская Республика), а в 1994 году концерт–дипломом закончил аспирантуру у проф. M. Хазельбёка (M. Haselböck) в Музыкальном университете г. Любека (Германия). В 2015 г. в Литовской академии музыки и театра он защитил докторскую диссертацию в области интерпретации музыки Барокко.
Б. Вайткус успешно участвовал на конкурсах пианистов и органистов, став лауреатом и призёром на международных конкурсах в Риге (Латвия, 1984), «Пражская весна» (Чехия, 1989), на Международном конкурсе в Гельзенкирхене, (Германия, 1993), а также на Международном конкурсе им. М.К.Чюрлёниса в Вильнюсе (Литва, 1995).
Начав свою концертную деятельность в 1983 году, Б. Вайткус дал многочисленные концерты в большинстве европейских стран. Обширный его репертуар охватывает органные произведения композиторов эпох Барокко и Романтизма, а также лучшие образцы музыки XX века, таких как опусы А. Шёнберга, O. Meссиана, современных литовских композиторов.
С 1989 г. по настоящее время Б. Вайткус преподаёт в Литовской академии музыки и театра. Он также является инициатором и художественным руководителем Международного музыкального фестиваля «Органное лето», международных мастер-классов «Летняя органная академия», а также Национального конкурса молодых органистов им. И. Жукаса.
Б. Вайткус осуществил ряд радио-записей и записывал компакт-диски в Литве и за рубежом. Серия его записей «Исторические органы Литвы» была выпущена Департаментом культурного наследия при Литовском министерстве культуры с 2009 по 2017 год.
В 2009 году указом министра культуры Литвы Б. Вайткусу присвоен статус Творца искусства.