Вырос в Хобурге недалеко от Лейпцига. Ему с раннего детства было ясно, что его страстью является органная музыка. Уже в младшем школьном возрасте он регулярно играл в церкви на органе.
С шести лет он получил уроки игры на фортепиано и обширное музыкальное образование у Хорста Андерса. В возрасте двенадцати лет он получил свои первые уроки игры на органе у Маркуса Фридриха. Большое влияние на него оказали его учителя по органу профессора Эльмар Ленен и Маттиас Айзенберг. Ценное вдохновение он также получил от многочисленных мастер-классов, прежде всего в области органной импровизации.
Изучение органной, церковной музыки и органной импровизации у профессора Вольфганга Зайфена (Университет искусств Берлина) привело Йонаса Вильферта в Берлин, где с 2016 года он является главным органистом и кантором собора Святой Афры, где находится уникальный исторический орган.
Выступал в качестве солиста на Лейпцигском фестивале Баха, Лейпцигском фестивале Вагнера, в Берлинском Домском соборе и в Гевандхаусе в Лейпциге, а также в главном соборе в Глазго. Йонас Вильферт получил Байройтскую стипендию от Стипендиального фонда Рихарда Вагнера за концерт-импровизацию на темы Вагнера.
Он также является очень востребованным импровизатором в немом кино.
В качестве дирижера он работал, в частности, с Государственным молодежным хором Саксонии, Берлинским хором Баха, Берлинской Sing-Akademie zu Berlin и Прусским камерным оркестром.
Вильферт является художественным руководителем оркестра Junges Ensemble Leipzig с 2018 года, а в 2022 году был назначен руководителем хора оперы «Дорф Махт» — проекта культурного сотрудничества, в частности, с Симфоническим оркестром Берлинского радио.
Йонас Вилферт также преподаёт в музыкальной училище в Берлине.
В 2020 году он сочинил страстную ораторию по мотивам «Семи слов Спасителя на кресте» Отто Маллинга. Совместно с певцом Инго Витцке была сделана запись этого произведения на компакт-диске, который был представлен большой аудитории на радио «МДР Культура» и «МДР Классик».
С 2009 года он дает также многочисленные дуэтные концерты в Германии и за рубежом с трубачом Тони Фезе. В 2017 году на лейпцигском лейбле Rondeau Productions вышел ее первый диск с собственными транскрипциями романтической музыки.
Фильмы: «Аэлита – полёт на Марс», «Доктор Джекил и Мистер Хайд», «Шерлок Холмс», «Метрополис», «Носферату (Дракула»), фильмы Чаплина, и др.